Príčiny schizofrénie nie sú doteraz presne objasnené. V modernom poňatí hovoríme o neurovývojovom ochorení, spojenom v niektorých prípadoch s akceleráciou procesov starnutia nervovej sústavy, ktoré typicky prepuká najčastejšie v období adolescencie a včasnej dospelosti.

Odpoveď na túto otázku nie je jednoduchá, existuje celý rad teórií, ale nepochybne vždy hrajú úlohu genetické predpoklady. Každý z nás sa môže narodiť s väčšou či menšou dispozíciou k tomu, že ochorie na schizofréniu, napriek tomu ani ľudia s najväčšou teoretickou mierou dispozície ochorieť vôbec nemusia. Dôležité pre prepuknutie choroby je, ako sa zdá, pôsobenie stresových faktorov, ale aj iných exogénnych faktorov, a to predovšetkým v niektorých kritických časových oknách nášho života.

Príkladom zložitosti tejto problematiky je aktuálna bohatá diskusia o tom, ako sa na náraste výskytu schizofrénie podieľa zvýšená konzumácia psychoaktívnych látok, predovšetkým marihuany a stimulancií (u nás pervitínu), a to predovšetkým v období, kedy sa ľudský mozog veľmi aktívne synapticky mení a upravuje – tj. v adolescencii a včasnej dospelosti. Dôvodom je aj zmena koncentrácie rôznych látok v marihuane, a to predovšetkým preto, lebo sa využívajú iné chemotypy a menia sa spôsoby pestovania, ktoré sa prevažne robia v umelo vytvorených podmienkach.